Se lo aprecia en el latín medieval como perdonāre, configurándose a partir del prefijo per-, que transmite la idea de ‘a través’, ‘completamente’ o ‘hasta el final’, con raíz en el indoeuropeo *per-, por ‘conducir a través’ o ‘llevar más allá’, y el verbo donāre, remitiendo a ‘dar’, ‘conceder’ o ‘regalar’, procediendo del sustantivo dōnum, por ‘don’ o ‘regalo’, sobre la base del indoeuropeo *deh₃-, interpretándose por ‘dar’. De este modo, la composición transmite literalmente la acción de dar completamente, de conceder algo en su totalidad, exponiendo que el perdón no se plantea como un acto parcial o condicional, sino como una entrega absoluta que atraviesa la ofensa para alcanzar el otro lado.

Por su parte, el sustantivo perdón se configura como una forma deverbal que responde al modelo del provenzal perdon y el francés antiguo pardon, procediendo del verbo pardoner, que a su vez toma la base del latín medieval perdonāre. El italiano registra perdono, el portugués perdão y el catalán perdó, evidenciando la expansión románica del término.
Remarcar que en este caso el prefijo per- no opera como un mero indicador de tránsito o movimiento espacial, como ocurre en peregrino (observado en el latín peregrīnus, donde per- acompaña a ager, por ‘campo’, señalando a quien transita por tierras ajenas), sino que se lo interpreta en su propiedad intensiva, enfatizando la completitud y profundidad de la acción, como se aprecia en perfecto (dado en el latín perfectus, participio de perficĕre, por ‘llevar a cabo enteramente’) o perpetuo (visible en el latín perpetŭus, conjugando per- y petĕre, por ‘dirigirse hacia’, transmitiendo aquello que se extiende sin interrupción).

No obstante, la historia del perdón en las lenguas romances no puede desligarse del peso que le confiere el cristianismo. El latín eclesiástico adopta perdonāre como expresión privilegiada para la remisión de los pecados, instalándose en la liturgia y la teología como un acto que emana de la gracia divina, donde Dios concede al pecador una donación total que excede la lógica de la justicia humana. Esta carga espiritual impregna el término desde sus primeros registros en las lenguas vernáculas, apreciándose en los textos medievales donde perdonar se esgrime tanto en el plano divino como en el feudal, describiéndose la condonación de una deuda, la amnistía de una condena o la absolución de una falta moral. El Cantar de Mio Cid, hacia 1200, emplea la forma en el contexto de la reconciliación entre el Cid y el rey Alfonso VI, exponiendo el perdón como un acto político tanto como personal.

Es posible destacar como palabras asociadas a la raíz de *deh₃-, don (pautado en el latín dōnum), donar (sobre el latín donāre), donación (declarado en el latín donatiōnem), condonar (observado en el latín condonāre, donde el prefijo con- refuerza la idea de concesión conjunta) y dosis (visible en el griego dósis, procediendo del verbo didónai, por ‘dar’, compartiendo la misma raíz indoeuropea). Por el lado de *per-, se identifican además perecer (en el latín perīre, por ‘ir a través’ hasta el final, es decir, ‘morir’), permanecer (dado en el latín permanēre, conjugando per- y manēre, por ‘quedarse completamente’) y persuadir (en el latín persuadēre, formado por per- y suadēre, por ‘convencer enteramente’).